En su testamento, Morazán expresó: “Quiero que mis cenizas descansen en el suelo de El Salvador, cuyo pueblo me fue tan adicto”. El líder unionista había mantenido una estrecha relación con El Salvador y en 1839 llegó a ocupar la jefatura de Estado del país, que se convirtió en uno de los principales escenarios de su proyecto político en defensa de la Federación Centroamericana.

Su voluntad se cumplió años después de su ejecución, cuando sus restos fueron trasladados desde Costa Rica y llegaron a El Salvador en 1849. Desde entonces permanecieron en el Cementerio General de San Salvador, actualmente conocido como Cementerio de Los Ilustres, hasta que el 23 de septiembre de 2026 fueron trasladados por orden del presidente Nayib Bukele a un nuevo mausoleo construido especialmente para custodiar sus restos.

El nuevo monumento está ubicado en el Jardín Centroamérica, a un costado del Palacio Nacional, en el Centro Histórico de San Salvador. Durante el acto, el Jefe de Estado destacó el legado de Morazán y su defensa del ideal de una Centroamérica unida, por lo que sus restos permanecen ahora en un sitio emblemático del corazón histórico de la capital salvadoreña.